凌晨12点到3点咳嗽厉害可能由多种因素引起，一般会考虑到口腔分泌物呛入气管、慢性支气管炎、肺结核、支气管哮喘和肺癌等可能的疾病。如果这些症状持续存在，需要及时就医进行治疗。
1、口腔分泌物呛入气管：在睡眠中可能有口腔分泌物呛入气管，特别是老年人咽反射减弱，仰卧位睡眠的时候容易发生口腔内分泌物的误吸，引起凌晨一两点或夜间其他时间咳嗽的情况，建议尽量采取侧卧位睡姿，或是将枕头抬高缓解症状。
2、慢性支气管炎：这是由呼吸道的感染和物理化学刺激引发的，患者可能会出现反复的咳嗽和咳痰等症状，严重的病例会导致喘息。在急性发作期，应积极采取对症支持疗法进行综合治疗。在日间，身体的多种活动使得对气管炎症的反应变得迟钝，但到了夜晚，这种敏感性会增加，改变体位可能会导致咳嗽。一般情况下，患者可以按照医生的建议口服阿莫西林胶囊、硫酸特布他林片等药物进行治疗。当症状变得较为严重时，需要结合静脉输液进行治疗。
3、肺结核：这是由结核分枝杆菌引发的疾病，可能导致低热、乏力、盗汗、消瘦、咳嗽、咳痰，甚至咯血等症状。由于夜间迷走神经的兴奋度增加，可能会引发支气管平滑肌的痉挛，从而加重咳嗽。建议采用口服乙胺丁醇和利福平胶囊等的抗结核药物进行治疗，通常的治疗时长为0.5-1年或更长。
4、支气管哮喘：患有支气管哮喘的人，如果对被子或枕头里的螨虫产生过敏反应，并在夜间睡眠时吸入这些过敏原，可能会导致上述症状，甚至可能出现呼吸困难的情况。对于这种情况，可以采用雾化学治疗法来缓解症状。此外，存在一种名为咳嗽变异性支气管哮喘的特殊支气管哮喘类型，其主要特征是夜间咳嗽症状加剧。在治疗过程中，根据支气管哮喘治疗的基本原则，通常需要使用特布他林激素药物。此外，对于这种类型的患者，建议在日常生活中加强身体护理和保暖措施，以避免受到寒冷的影响，并适当地进行体育锻炼，从而提升身体素质和预防感冒。
5、肺癌：通常表现为刺激性的干咳，并可能伴有消瘦、咯血和胸痛等症状。由于夜间的局部病灶对肺部组织和气道的刺激更为明显，因此可能会出现上述症状。通常，需要结合放射治疗、化学治疗和手术等多种手段进行综合治疗，例如进行肺段切除手术和根治性放射治疗等。
在没有确切的病因诊断之前，不应盲目地自行给药，否则可能会使病情恶化。
