性别认知障碍又称为性别识别障碍。通常情况下，性别识别障碍是否会影响性取向，需要根据具体的情况来判断，如果积极进行治疗，一般不会影响性取向；如果未能进行治疗，可能会影响性取向。具体分析如下：
性别识别障碍是指儿童对自身性别的认识与自己真实解剖特征相反，如男孩否认自己的男性特征，认为自己是女性。如果儿童出现这些情况，家长应及时带儿童去医院进行检查，并在医生的指导下进行心理治疗。积极进行治疗后，性别识别障碍通常治愈，这样一般不会影响儿童的性取向。但是，如果儿童出现性别识别障碍，家长未引起重视，并未及时带儿童去医院就医，这种情况下，可能会影响到儿童的性取向。
