卵巢巧克力囊肿通常指卵巢子宫内膜异位囊肿，卵巢子宫内膜异位囊肿一般不能自愈。
卵巢子宫内膜异位囊肿是子宫内膜异位症中的一种普遍形式，是随着月经周期变化，可能会增大或缩小，但并不会自行消失。不过，也有少数情况下，囊肿较小且患者已接近绝经期，在绝经后囊肿可能会逐步萎缩，但这并不意味着所有情况下都能自愈。
卵巢子宫内膜异位囊肿可能导致月经紊乱、痛经、不孕等危害，因此建议及时就医并遵循医生的建议进行治疗。比如通过温水浴、热敷等，可以帮助放松盆骨肌肉，减少疼痛感。同时，适当的运动也有助于促进血液循环，但要避免剧烈运动，以免囊肿破裂。对于痛经明显、病变较轻微且没有生育要求的患者，可以采用高效的孕激素进行周期性治疗，如醋酸甲地孕酮片、米非司酮胶囊、孕三烯酮胶囊等。对于囊肿较大（如达到5cm）或有生育要求的患者，手术治疗是常见的选择。手术方式包括病灶切除术、囊肿剥脱术等，旨在将子宫内膜异位囊剥出，减少对卵巢和周围组织的伤害。
