一般情况下，男性HPV39阳性是否严重，需根据实际情况来判断。如果尽早发现并采取正确的治疗措施，通常不严重；如果未尽早采取正确的治疗措施，出现持续感染的情况，通常比较严重，具体内容如下：
男性HPV39阳性也就是表示男性感染了39亚型的人乳头瘤病毒，通常会在皮肤或者黏膜出现病理性改变。若男性HPV39阳性，尽早发现并采取正确的治疗措施，如平时注重个人清洁卫生、遵医嘱对症使用盐酸伐昔洛韦片、维A酸乳膏等药物，通常不严重；但是若未尽早采取正确的治疗措施，出现持续感染的情况，就可能会引发阴茎癌，那么就是比较严重的。
