生化妊娠不是自然流产，两者存在一定差别，具体情况如下：
1.引发原因不同：生化妊娠的引发原因可能与受精卵质量不高、染色体异常有关。受精卵着床后,子宫内膜受容性差,血液供应不畅,也容易发生生化妊娠。自然流产是在受精卵着床以后，由于孕酮的数值偏低，流产的几率会比较大。也有可能和心情、气候、环境等因素有一定的关系。
2.症状表现不同：生化妊娠一般发生在妊娠的第五周之内，又称为亚临床流产，主要表现为阴道流血和有灰白色的膜状物流出；自然流产的症状主要表现为怀孕以后容易产生阴道出血和腹痛的现象。
3.产生危害不同：一般来说，生化妊娠与女性月经延迟相似，对女性造成的影响不大；自然流产发生较为严重时，会引起大出血感染和休克等症状，当流产发生逆行感染时还可能会引起子宫内膜炎、附件炎等疾病。
