一般情况下，胃肠镜检查的主要目的是检查食道、胃部、十二指肠等位置是否存在异常，还能用于判断治疗效果及预后。
胃肠镜检查是利用胃镜和肠镜对患者的消化道进行检查。胃镜检查会利用内镜探头从口腔进入，经过食管、胃部，到达十二指肠降部，用来观察患者的食管、胃部、十二指肠降部是否存在异常，比如炎症、息肉等。肠镜检查会将内镜探头从肛门进入，经过肠道，到达回肠末端，进而有效检查患者的肠道是否存在异常。另外，胃肠镜检查还可以用来帮助医生判断治疗效果，也可以用来判断预后情况，比如可以判断胃癌、结肠癌等疾病是否得到了有效治疗，以及复查时判断是否存在复发的问题。
