指甲凹凸不平，有小坑可能是生理性因素、病理性因素导致的，建议患者去医院检查，在医生的指导下对症治疗。具体分析如下：
一、生理性因素
如果指甲受过外伤或者指甲发育不良，可能会导致指甲凹凸不平，有小坑。这种情况一般不严重，通常不需要进行特殊的治疗。
二、病理性因素
1.银屑病甲：银屑病甲是因银屑病侵及甲床或者甲母质而引起的甲面病变，患者可能会出现指甲凹陷、剥离、增厚等症状，所以指甲凹凸不平，有小坑可能是银屑病甲导致的。患者可以按医嘱使用曲安奈德益康唑乳膏、氟尿嘧啶软膏、尿素软膏等药物进行治疗。同时，患者应避免指甲接触刺激性物质，以免加重病情。
2.甲癣：甲癣是皮肤科常见的疾病，患者可能会出现指甲凹凸不平、增厚、脱离等症状，所以指甲凹凸不平，有小坑可能是甲癣导致的。患者可以按医嘱使用盐酸阿莫罗芬乳膏、环吡酮胺软膏、盐酸特比萘芬乳膏等药物进行治疗。此外，患者可以通过激光治疗、光动力疗法等方法进行治疗。
