宝宝凌晨两点多咳嗽可能是后背着凉、环境因素刺激、呼吸道炎症等原因导致的，具体分析如下：
1.后背着凉：宝宝睡着后被子未盖到后背部，凌晨两点多时温度相对较低，易导致宝宝后背着凉，使肺部受到低温刺激而引起咳嗽。家长可以及时为宝宝盖好被子来缓解咳嗽症状。
2.环境因素刺激：宝宝睡觉时被子盖得太厚或室内空气过于干燥，可能导致宝宝嗓子干痒，从而出现凌晨两点多咳嗽的症状。此时家长可以给宝宝更换薄一点的被子并让宝宝喝一杯温开水来改善嗓子干痒的状况，也可以使用加湿器增加室内湿度，从而缓解宝宝的咳嗽症状。
3.呼吸道炎症：当宝宝患有咽炎、支气管炎或肺炎时，通常会出现咳嗽的症状，且凌晨两点多温度相对较低，咳嗽更加频繁。这种情况下，家长可以在医生的指导下给宝宝服用盐酸氨溴索口服溶液、蒲地蓝消炎口服液等药物来缓解症状。
