通常情况下，五联益生菌和六联益生菌主要有数量、种类等方面的区别，具体分析如下：
1.数量：虽然五联益生菌和六联益生菌都是调节肠道菌群的药物，但五联益生菌有五种益生菌，而六联益生菌有六种益生菌，比五联益生菌多一种。
2.种类：五联益生菌主要包括罗伊氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、乳双歧杆菌、短双歧杆菌、动物双歧杆菌等益生菌；六联益生菌主要包括短双歧杆菌、乳双歧杆菌、约氏乳杆菌、植物乳杆菌、干酪乳杆菌和嗜热链球菌等益生菌。
五联益生菌和六联益生菌都具有恢复肠道菌群、改善消化不良、提高免疫力等作用，属于一种微生态的制剂。
