停经40天无孕囊，但显示怀孕了可能是由受孕时间晚、异位妊娠、生化妊娠、胚胎发育不良、激素水平异常等因素引起的，建议患者及时前往正规医院就诊检查，通过日常护理、药物治疗、手术治疗的方式进行处理。
1、受孕时间晚：排卵时间推迟，实际受孕较晚，孕囊还未发育到能被超声检测到的大小。患者一般无特殊伴随症状。这种情况只需耐心等待，定期复查即可。
2、生化妊娠：受精卵着床失败，虽然能检测到怀孕，但超声看不到孕囊。患者可能会有类似月经的出血。通常无需特殊处理，注意休息即可。
3、胚胎发育不良：胚胎自身存在问题，发育缓慢，孕囊不明显，患者可能有阴道少量流血、早孕反应减轻等症状。治疗时可在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、人注射用绒促性素等药物。
4、激素水平异常：体内孕激素、雌激素等水平失衡，可能会影响孕囊的正常发育和显现，患者可能有月经紊乱史。需要调整激素水平，可按医嘱使用戊酸雌二醇片、醋酸甲羟孕酮片、结合雌激素片等药物。
5、异位妊娠：受精卵在子宫腔外着床发育，如输卵管等部位，孕囊不在子宫内，所以超声看不到，患者可能伴有一侧下腹隐痛或酸胀感。治疗上根据情况可在医生的指导下选择甲氨蝶呤注射液、米非司酮片、氯化钾注射液等药物保守治疗，若情况危急，可能需要在医生的指导下进行输卵管切除术、输卵管开窗术等手术。
此外，患者要注意休息，避免剧烈运动和劳累，保持心情舒畅，有利于后续的诊断和处理。
