怀孕40天孕酮低且看不到孕囊，可能是饮食不当、先兆流产、异位妊娠等因素引起的，需对症进行治疗。
1.饮食不当：若是怀孕后，孕妇不注意护理，营养摄入不足，可能会影响胎儿的生长发育，导致孕酮分泌降低，引起胎儿发育缓慢，出现孕囊发育迟缓的现象。此时孕妇一般不会出现其他不适症状，且孕酮偏低的程度较小，平时需做好饮食护理，可帮助胎儿发育。
2.先兆流产：该病一般是指怀孕28周以前，孕妇出现流产征兆，尚未构成流产的状态，常会出现腹痛、阴道出血、停经等症状，可导致胎儿发育迟缓，孕酮也会出现不同程度地下降。建议孕妇在医生指导下使用黄体酮胶丸、地屈孕酮片、固肾安胎丸等药物治疗。
3.异位妊娠：该病一般是受精卵在子宫腔外着床发育的一种异常妊娠过程，由于异常的妊娠位置，导致孕酮分泌不足，通常会出现偏低的现象，子宫内通常也无法发现孕囊。为避免病情加重，还需及时终止妊娠。
除此之外，胎儿停育也可能会出现该症状，需及时就医进行治疗。