神曲和建曲一般不可以通用，这是两种不同的药物，且在成分、功效作用方面有所差别。
这两种药物一般不能通用，是有较大区别的两种药物。神曲是由辣蓼、青蒿、杏仁泥、赤小豆、鲜苍耳草等加入面粉或麸皮后发酵而成的曲剂中药，具有消食健脾、产后回乳、解表散寒的功效，常用于治疗消化不良、食积、胸闷腹胀、呕吐腹泻等不适症状。建曲是一种中成药，由苦杏仁、槟榔、青蒿、广藿香、谷芽、甘草等药物成分制成，具有解表和中的功效，常用于治疗寒热头痛、食滞中阻、呕吐胀满等不适症状，适用于风寒感冒患者。
综上所述，二者在制成方式、药物成分、功效、主治疾病方面都有所不同，所以通常不能代替使用，避免病情治疗不当，引起不适症状。
