一般情况下，不能准确地说子宫肌瘤和巧克力囊肿哪个更严重，患者应在医生的指导下进行治疗。具体分析如下：
子宫肌瘤是指子宫内的平滑肌细胞异常增生而形成的一种良性肿瘤，如果患者宫腔内子宫肌瘤的数量较少，且未出现明显的症状，如月经量增多、阴道异常流血等，通常说明病情比较轻，通常可以不用进行特殊治疗，但平时要注意休息，避免有不洁的性生活，并定期去医院复查；如果患者宫腔内子宫肌瘤的数量较多，且出现了相关症状，通常说明病情比较严重，需要及时通过手术进行治疗。
巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，存在陈旧性积血的囊肿，如果巧克力囊肿患者的囊肿比较小，未出现痛经、月经异常等症状，通常说明病情较轻，可以在医生的指导下使用散结镇痛胶囊、布洛芬缓释胶囊、吲哚美辛肠溶片等药物进行治疗；如果巧克力囊肿患者的囊肿比较大，且出现相关症状，通常说明病情比较严重，需要在医生的指导下通过手术摘除囊肿。
