通常来说，吃了紧急避孕药两周后有褐色分泌物可能是正常现象，也可能与药物副作用、宫颈炎等原因有关，建议患者按医嘱对症治疗。具体分析如下：
1.正常现象：如果患者最近月经即将来潮，可能会在月经来之前出现褐色分泌物，这是一种正常现象，与吃了紧急避孕药无关，建议患者最近注意饮食，避免生冷辛辣的食物即可。
2.药物副作用：部分患者吃了紧急避孕药之后，可能会出现阴道少量出血、头晕、恶心、呕吐、异常分泌物等药物副作用，所以吃了紧急避孕药两周后有褐色分泌物可能是药物副作用导致的。建议患者注意观察，如果这种情况持续时间较短，并且无其他不适，一般无需治疗。
3.宫颈炎：如果本身存在宫颈炎，可能会出现有褐色分泌物的情况，与吃了紧急避孕药无关，同时患者会出现小腹部疼痛、分泌物增多等症状，建议在医生的指导下使用药物治疗，常用药物有阿司匹林片、阿奇霉素片、青霉素V钾片等。
