如果适量地吃褪黑素软糖，一般不会有明显的副作用；但如果过量地吃褪黑素软糖，则可能产生头痛、刺激胃肠道、影响正常睡眠等副作用。
1、头痛：褪黑素是松果体产生的一种胺类激素，如果使用者不注意控制褪黑素软糖的用量，可能导致体内褪黑素水平出现明显的变化，可能刺激大脑神经，导致头部出现较为明显的疼痛症状。
2、刺激胃肠道：如果过量地服用褪黑素软糖，容易加重胃肠道负担，可导致局部黏膜受到较强刺激，引起腹胀、腹痛、恶心、反酸、呕吐等不适症状。
3、影响正常睡眠：虽然吃褪黑素软糖在一定程度上有助于提高睡眠质量，有益于改善失眠、早醒等情况。但是如果使用者长期大量地吃褪黑素软糖，可能会导致机体对褪黑素软糖产生较强的依赖性，令使用者在暂停服用褪黑素软糖后出现更为严重的睡眠障碍，可导致生物钟受到更为明显的影响。
不当服用褪黑素软糖还可能有其他副作用，如影响精神状态、造成性早熟、加重肝肾负担、增加发生脑血管意外的风险等。因此，使用者要避免盲目地使用褪黑素软糖。如果睡眠质量较差，并且已经严重影响了日常生活，使用者可以在医生指导下使用艾司唑仑片、阿普唑仑片等药物进行治疗，以抑制中枢神经系统，进而镇静、助眠。
