阴茎皮下有很多疙瘩，可能是阴囊皮脂腺囊肿、珍珠状阴茎丘疹、尖锐湿疣等原因引起的，患者可以根据病因采取对应的治疗方式。具体分析如下：
1.阴囊皮脂腺囊肿：阴茎皮脂腺囊肿是由于阴茎部位的皮脂腺排泄通道被分泌物堵塞住，形成了潴留性的囊肿，可能出现阴茎皮下有很多疙瘩的症状。建议到当地医院进行血常规、尿常规等检查，明确病情，可以采取手术的方式进行治疗，通常在囊肿中央沿着皮纹方面做一梭形切口，再将囊肿摘除。
2.珍珠状阴茎丘疹：珍珠状阴茎丘疹是以阴茎冠状边缘和冠状沟出现珍珠状、半透明丘疹为特征的皮肤病，可能出现阴茎皮下有很多疙瘩的症状。建议到当地医院进行醋酸白试验，明确病情。可以将洁尔阴洗液与生理盐水配成一定比例浓度的液体，对患处进行清洗，还可以在患处涂抹氟尿嘧啶软膏、莫匹罗星软膏等药物，缓解症状。
3.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的常见性传播疾病，可能出现阴茎皮下有很多疙瘩的症状，一般这种疙瘩是乳头状或者菜花状。建议患者去医院检查，明确病因后，在医生的指导下外用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏等药物；还可以进行激光治疗，一般能使较小的疣体脱落，从而达到缓解症状的目的。
