手足口病好了又咳嗽流鼻涕，可能是普通感冒、急性鼻炎、咳嗽变异性哮喘、鼻后滴流综合征、支原体感染等原因引起的，建议及时就医并遵医嘱治疗。
1.普通感冒：手足口病后身体免疫力可能尚未完全恢复，容易受到病毒侵袭引起普通感冒，出现咳嗽、流鼻涕症状。病毒感染上呼吸道，导致鼻黏膜充血、分泌物增多，刺激呼吸道引起咳嗽。治疗可使用复方氨酚烷胺胶囊、氨咖黄敏胶囊、感冒灵颗粒缓解感冒症状；若咳嗽较严重，可使用氢溴酸右美沙芬片、枸橼酸喷托维林片、复方甲氧那明胶囊止咳；若鼻塞、流涕严重，可使用麻黄碱滴鼻液、赛洛唑啉滴鼻液、羟甲唑啉滴鼻液缓解鼻腔症状。
2.急性鼻炎：可能在手足口病后，因接触过敏原或病毒感染引发急性鼻炎，表现为流鼻涕、鼻塞，炎症刺激也可引起咳嗽。病毒或过敏原刺激鼻黏膜，引起黏膜炎症和充血。治疗可使用鼻用糖皮质激素如糠酸莫米松鼻喷雾剂、曲安奈德鼻喷雾剂、布地奈德鼻喷雾剂；抗组胺药如氯雷他定片、西替利嗪片、地氯雷他定片；减充血剂如麻黄碱滴鼻液、赛洛唑啉滴鼻液、羟甲唑啉滴鼻液。
3.咳嗽变异性哮喘：如果患者本身有哮喘倾向，在手足口病后可能因呼吸道敏感性增加而诱发咳嗽变异性哮喘，表现为咳嗽，也可能伴有流鼻涕等过敏症状。气道高反应性导致支气管痉挛，引起咳嗽，过敏反应可能累及鼻腔。治疗可使用吸入性糖皮质激素如布地奈德福莫特罗粉吸入剂、沙美特罗替卡松粉吸入剂、丙酸氟替卡松吸入气雾剂；支气管扩张剂如沙丁胺醇气雾剂、特布他林雾化液、异丙托溴铵气雾剂；白三烯调节剂如孟鲁司特钠片、扎鲁司特片、普仑司特胶囊。
4.鼻后滴流综合征：鼻腔分泌物倒流至咽喉部，刺激咳嗽感受器，引起咳嗽，同时可伴有流鼻涕症状。可能是鼻腔炎症或其他原因导致分泌物增多，在夜间平卧或咳嗽时更容易倒流。治疗要针对鼻腔疾病，使用鼻用糖皮质激素、减充血剂和抗生素等，具体药物同上述相关疾病。同时可使用止咳药缓解咳嗽。
5.支原体感染：手足口病后可能继发支原体感染，引起咳嗽、流鼻涕等症状。支原体侵袭呼吸道，引发免疫反应。治疗可使用大环内酯类抗生素如阿奇霉素胶囊、罗红霉素胶囊、克拉霉素胶囊；止咳药如氢溴酸右美沙芬片、枸橼酸喷托维林片、复方甘草片；若有鼻塞、流涕等症状，可对症使用药物缓解。
需要注意的是，使用上述药物时要谨遵医嘱，并及时就医，以便医生根据具体情况进行诊断和治疗。