扁平疣和毛囊炎的病因不同、症状不同，治疗方法也是不同的。具体分析如下：
1.病因不同：扁平疣是由人乳头病毒感染导致的，在人体免疫力低时，由于受到病毒感染，引发该疾病。毛囊炎是受到金黄色葡萄球菌感染，不注意个人卫生等原因引起的。
2.症状不同：扁平疣通常会出现面部、手部等多部位出现扁平丘疹、皮肤颜色呈粉红色、浅褐色、会有轻微瘙痒的现象。毛囊炎会出现皮肤起红色丘疹，并且伴随疼痛、瘙痒、皮肤有斑痕等现象。
3.治疗方法不同：扁平疣可以在医生的指导下，使用维A酸乳膏，阿达帕林凝胶等药物，抑制皮脂腺分泌，缓解症状。毛囊炎可以在医生的指导下，使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物，杀灭细菌，加快症状的愈合。