一般情况下，注射完HPV疫苗后身上长了疣，属于正常情况，因为注射HPV疫苗只是降低患者被人乳头瘤病毒感染的几率，不可能起到全部预防的效果。
通常患者在注射完HPV疫苗之后还是有感染人乳头瘤病毒长疣的可能，但这个可能性会有明显的下降。HPV疫苗有多种类型，如二价疫苗一般是预防16、18型HPV的感染；四价疫苗在二价疫苗的基础上增加了6、11型HPV；九价疫苗预防的类型就较多，通常可以预防6、11、16、18、31、33、45、52、58型HPV的感染。而人乳头瘤病毒通常具有几十种，HPV疫苗一般只能预防部分的人乳头瘤病毒，并能不能预防所有的人乳头瘤病毒，所以患者在注射完HPV疫苗后身上长疣属于正常情况。
如果患者身体没有任何异常现象，可以不做处理。因为不是所有的疣都要进行治疗，人的免疫系统可能会清除部分人乳头瘤病毒，疣也可能自行消失。如果身上的疣的数量比较少可以采取冷冻、电灼以及激光治疗等物理治疗，若是疣数目较多，也可以选择涂抹咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、重组人干扰素α2b软膏等药物进行治疗。患者在注射完HPV疫苗后，还是要注意避免高危的性行为，以免感染其它类型的人乳头瘤病毒，导致身上长疣。
