糠秕孢子菌毛囊炎有自愈的可能性，但概率较低。
糠秕孢子菌毛囊炎是由圆形或卵圆形糠秕孢子菌引起的毛囊炎性病变。这种真菌正常情况下存在于人体皮肤表面，当某些因素导致毛囊内环境改变时，如皮脂腺分泌旺盛、皮肤多汗、长期使用糖皮质激素或抗生素等，糠秕孢子菌会大量繁殖并引起炎症。如果患者自身免疫力较强，通过调整生活方式，比如保持皮肤清洁干燥、减少油脂分泌，可能会抑制真菌生长，使病情逐渐好转。但这种情况相对少见，因为在毛囊内，真菌可形成生物被膜等结构来抵抗机体的免疫防御，而且在适宜的条件下真菌繁殖速度较快，很难通过自身免疫系统完全清除。
若不进行治疗，糠秕孢子菌毛囊炎可能持续存在或加重。炎症可能会蔓延至周围毛囊，导致更多的毛囊受损，皮疹范围扩大。症状也可能更严重，如瘙痒、疼痛加剧，影响患者的生活质量。此外，搔抓可能会引起皮肤破损，增加细菌感染的风险，使病情进一步复杂。如果怀疑是糠秕孢子菌毛囊炎，应及时就医。
