自主神经系统一般是受大脑皮层控制的。
大脑皮层是调节躯体运动或者控制躯体运动的最高级中枢，由初级感觉区、初级运动区和联合区三部分构成。自主神经系统是控制呼吸、心跳和消化过程等非自主活动的神经系统，包括相互拮抗的交感神经系统和副交感神经系统两部分，可以支配和调节机体各器官、血管、平滑肌和腺体的活动和分泌，并参与内分泌调节葡萄糖、脂肪、水和电解质代谢，以及体温、睡眠和血压等。自主神经系统的功能发挥都受制于大脑，主要受大脑皮层的支配和调节。
另外，自主神经系统有较多的独立性，因为每一脏器会同时接受交感和副交感两套神经系统的控制，而两者的作用是相反的，如果一个使器官的活动增强，另一个就会使器官的活动减弱，一般不受人的意志所控制。
如果自主神经系统受损，主要考虑与心理社会因素有关，此时可以在医生指导下使用谷维素片、甲钴胺片等药物进行治疗，可以起到营养神经的作用。在恢复期间也要多注意休息，保证充足的睡眠，有助于自主神经系统功能的恢复。
