一般情况下，饭后两三个小时后肚子咕咕叫考虑与肠炎、胃肠功能紊乱等因素有关，需在医生指导下进行治疗。具体分析如下：
1.肠炎：饭后两三个小时后肚子咕咕叫可能是肠炎发作后导致的症状，患者还可能会出现肚子疼、发热、排便次数过多等症状，可以在医生的指导下使用地衣芽孢杆菌活菌胶囊、肠炎宁胶囊等药物治疗。
2.胃肠功能紊乱：饭后两三个小时后肚子咕咕叫也可能是胃肠功能紊乱引起的，患者也有可能会出现大便干燥、恶心、肚子疼、精神状态差等症状，可以遵医嘱使用奥美拉唑肠溶胶囊、硫糖铝口服混悬液等药物治疗。
建议患者饮食清淡、规律，作息规律，坚持运动，多喝水，可以促进病情恢复和身体健康。
