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一般情况下，妊娠囊3.1cm*2.1cm*3.5cm该有胚芽。具体情况分析如下：
妊娠囊是原始的胎盘组织，被羊膜、血管网包裹的小胚胎，是怀孕最初的形态，每个孕周都会有不同的变化，妊娠囊3.1cm*2.1cm*3.5cm时，大概为孕10-11周，此时胎儿各器官进一步发育，胎盘发育，胎盘清晰可见。而胎芽是孕6—7周形成，所以此时该有胚芽。