一般情况下，巧克力囊肿是会影响骨密度的。具体分析如下：
巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿。一般表现为痛经、不孕症、月经失调等，而此类症状的患者常伴随食欲不振、精神焦虑等情况。当患者出现食欲不振，精神焦虑时，人体所能摄取的营养就会受到影响。骨密度即骨骼密度，是骨骼强度的一个重要指标。一般是受人体所摄取的营养影响的，当所摄取的营养偏低时，骨密度自然同样就降低。因此，巧克力囊肿一般会影响骨密度。
患者可以前往医院明确巧克力囊肿的具体病因后对症治疗。同时为避免骨密度降低，患者应当摄取足够的营养来维持骨密度保持在正常水平。
