腘窝长了个肉疙瘩可能是腘窝囊肿引起的，也可能与脂肪瘤、寻常疣等原因有关，可以根据引起的原因通过手术治疗、物理治疗的方式进行处理。
1.腘窝囊肿：如果长期久站或过度行走，可能会对关节腔造成一定的刺激，从而使关节腔内压力增高出现腘窝囊肿的现象。如果囊肿体积较小，可以通过穿刺引流的方式进行处理，囊肿较大时，需要通过关节镜手术切除的方式进行治疗。
2.脂肪瘤：如果个人经常食用过多含脂肪的食物，自身代谢出现紊乱可能会形成局部脂肪瘤，也会出现腘窝长肉疙瘩的情况。如果囊肿体积较大，可能会影响正常的生活，可以通过脂肪环切术或微创手术切除脂肪瘤的方式进行治疗。
3.寻常疣：如果受到人乳头瘤病毒感染可能会对局部皮肤造成刺激，从而引发寻常疣，也会导致当前情况。可以通过激光照射、液氮冷冻等方式进行去除。
治疗期间也要注意局部的护理，保持清洁干燥，避免感染。
