临床上并无难以鉴别的肾癌和肾囊肿最可靠的检查方法，通常可通过肾动脉造影、CT检查、病理活检等方式进行鉴别诊断。
1、肾动脉造影：肾动脉造影用于疑难病例的诊断。肾癌作为恶性病变，在动脉期上表现为多血管性占位病变，常可见增粗增多和紊乱的肿瘤血管，或由于动静脉瘘伴有肾静脉早期显影。而肾囊肿属于良性病变，一般无上述表现。
2、CT检查：作为恶性病变，肾癌本身可出现浸润、转移的现象，可导致周围淋巴结损伤，出现肿大的现象，此时进行CT检查可见肿大的淋巴结组织或是转移的病灶。而肾囊肿病灶通常较为局限，一般并不会累及周围淋巴结或是发生转移。
3、病理活检：该检查主要是在局部出现肿瘤疾病，还不明确性质时进行，主要是取得肿瘤组织细胞，观察细胞形态，有效地辨明肿瘤的性质、分期。临床上该检查也可用于难以鉴别的肾癌和肾囊肿，进行鉴别诊断。
需注意的是，单一的检查并不能较好的对病情进行鉴别诊断，临床上还可以配合肿瘤标志物、肾功能检查等方式，方便进一步明确病因、病情，方便采取合理的治疗措施。