流感疫苗后高热39℃反复发热可能是疫苗不良反应、上呼吸道感染、肺炎支原体感染、急性肾盂肾炎、系统性红斑狼疮等因素所致，建议患者及时前往正规医院就诊检查，在医生的指导下选择日常护理、药物治疗或手术治疗等方式进行处理。
1、疫苗不良反应：流感疫苗接种后，部分人可能会出现发热等不良反应，这是身体对疫苗的一种免疫反应。疫苗进入人体后，刺激免疫系统产生抗体，在此过程中可能引起发热，伴随症状有乏力、肌肉酸痛等。一般情况下，可通过物理降温如温水擦浴等方式缓解，若体温持续不降或伴有严重不适，可在医生的指导下服用对乙酰氨基酚片、布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等药物。
2、上呼吸道感染：接种疫苗后如果不注意保暖等，可能会诱发上呼吸道感染。病毒或细菌侵犯呼吸道黏膜，引起炎症反应，导致发热，伴随症状有咳嗽、流鼻涕等。患者可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗。
3、肺炎支原体感染：可能因接触了肺炎支原体而感染。肺炎支原体感染呼吸道后，引起炎症反应，可出现高热反复的症状，伴随症状有咳嗽剧烈、胸痛等。患者可以在医生的指导下服用阿奇霉素片、罗红霉素胶囊、克拉霉素片等药物进行治疗。
4、急性肾盂肾炎：可能是细菌经尿道上行感染肾脏引起。炎症刺激肾脏组织，导致发热，伴随症状有腰痛、尿频、尿急等。患者可以在医生的指导下服用头孢地尼分散片、左氧氟沙星片、阿莫西林克拉维酸钾片等药物进行治疗。
5、系统性红斑狼疮：虽然流感疫苗一般不会直接引发系统性红斑狼疮，但如果患者本身有潜在的免疫异常，接种疫苗后可能诱发疾病发作。系统性红斑狼疮是一种自身免疫性疾病，免疫系统攻击自身组织，可出现高热等症状，伴随症状有面部红斑、关节疼痛等。患者需要在医生的指导下使用糖皮质激素如泼尼松片、甲泼尼龙片等，以及免疫抑制剂如环磷酰胺片、吗替麦考酚酯分散片等药物进行治疗。
此外，患者应注意休息，多喝水，促进身体代谢。饮食宜清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。