通常情况下，停经四十天彩超查不出来怀孕可能是因为女性怀孕，但是孕囊太小，也可能表明女性没有怀孕，主要是内分泌失调、卵巢早衰等原因导致的，建议女性对症治疗。具体情况分析如下：
1.孕囊太小：彩超是利用超声多普勒技术和超声回波原理，同时进行采集血流运动、组织运动信息和人体器官组织成像的设备。如果女性停经四十天，可能是已经怀孕，若平时的月经不规律，那么受精卵着床的时间较短，孕囊太小，可能会出现彩超查不出来怀孕的情况，此种情况比较正常，建议女性隔一段时间后再次进行检查，可以明确是否怀孕。
2.内分泌失调：如果女性没有怀孕，是内分泌失调导致的停经四十天，那么彩超也查不出来怀孕，建议女性遵医嘱使用药物来治疗，例如当归调经颗粒、乌鸡白凤丸、妇科调经片等。
3.卵巢早衰：卵巢早衰是指女性在四十岁之前卵巢丧失正常功能，如果女性的卵巢早衰，可能会出现停经四十天彩超查不出来怀孕的情况。女性可以遵医嘱使用药物来治疗，例如尼尔雌醇片、黄体酮胶囊、复方戊酸雌二醇片等。
